安装¶

Snakemake可以通过PyPi以及Bioconda安装，也可以从源代码安装。您可以使用以下方法安装Snakemake。

Conda安装¶

这是安装Snakemake的推荐方法，因为它还使Snakemake能够处理工作流程的软件依赖。

首先，安装Miniconda Python3发行版。请参阅此处获取安装说明。确保

安装 Python3 版本你的Miniconda;
将conda加入环境变量

然后，安装Snakemake

$ conda install -c bioconda -c conda-forge snakemake

来自 Bioconda channel。可以安装最小版本的Snakemake

$ conda install -c bioconda -c conda-forge snakemake-minimal

出于历史，可重复性和连续性的原因，可以通过Bioconda获得Snakemake。但是，可以使用其它channel安装Snakemake，比如在包名字前加上前缀 ::bioconda, 比如，

$ conda install -c conda-forge bioconda::snakemake bioconda::snakemake-minimal

全局安装¶

使用Python >=3.5，可以通过以下命令来安装Snakemake

$ easy_install3 snakemake

或

$ pip3 install snakemake

虚拟环境安装¶

在虚拟环境中创建安装，使用以下命令：

$ virtualenv -p python3 .venv
$ source .venv/bin/activate
$ pip install snakemake

源码安装¶

建议将Snakemake安装到virtualenv中，而不是全局安装。使用以下命令创建一个虚拟环境并安装Snakemake。请注意，这将安装开发版本，并且在您从源代码进行安装时，相信您知道自己做法以及如何查看各个版本/标签。

$ git clone https://bitbucket.org/snakemake/snakemake.git
$ cd snakemake
$ virtualenv -p python3 .venv
$ source .venv/bin/activate
$ python setup.py install

还可以使用 ``python setup.py develop``来安装开发版，在该安装中，并不复制文件，而是创建了链接，并且源代码中的更改在snakemake命令中立即可见。